Анализируя проект документа, первый замглавы Администрации Президента среди основных его недостатков  отметила предпосылки для усиления административного давления на плательщиков налогов, возникновения коррупции и уменьшения прозрачности в налоговой сфере.   

В качестве очередного «слабого места» кодекса Акимова указала на то, что документом вводятся непрямые методы налогового контроля. По мнению Акимовой, это представляет собой угрозу злоупотреблений и коррупции при проведении налоговых проверок.

Кроме того, из проекта кодекса изъята существовавшая ранее норма о том, что в случае двойного толкования какого-либо положения закона оно интерпретируется в пользу налогоплательщика.Теперь любая информация, которая имеет двойное толкование, будет интерпретироваться в пользу налоговых органов.