В настоящее время у Плутона известны пять спутников. Крупнейший из них — Харон — был открыт в 1978 году американским астрономом Джеймсом Кристи, остальные — при помощи околоземного телескопа Hubble.

Фотографии Харона New Horizons впервые получила в июне 2013 года, двух других лун — Гидра и Никта — в июне 2014 года и в январе 2015 года. О существовании спутников Кербера и Стикса стало известно в 2011 и 2012 годах, соответственно, а их первые фотографии с расстояния в 88 миллионов километров получены при помощи инструмента LORRI (Long Range Reconnaissance Imager) в период с 25 апреля по 1 мая 2015 года.

Стикс, диаметр которого оценивается в 7-21 километр, вращается вокруг Плутона между орбитами Харона и Никса с периодом в 20 суток. Кербер радиусом 5-15 километров находится между орбитами Никса и Гидры и вращается вокруг Плутона с периодом в 32 суток.

14 июля 2015 года, как ожидается, станция приблизится на минимальное расстояние к Плутону — 12,5 тысячи километров. На это время придется пик исследований миссии. Миссия New Horizons является пролетной — высокая скорость корабля не позволяет ей задержаться у карликовой планеты.

После системы Плутон — Харон специалисты NASA собираются использовать станцию для изучения Солнечной системы за пределами орбиты карликовой планеты — пояса Койпера. Его составляют астероиды, образованные льдами — замерзшими метаном, аммиаком и водой. Миссия New Horizons, как ожидается, завершит свою работу в середине 2020-х годов.