В період свого ректорства, як виявилось, Ісаєнко незаконно звільняв співробітників та викладачів НАУ. Згодом ці його рішення були оскаржені в суді, і працівники ЗВО домоглися поновлення своїх прав й були відновлені на посадах. Разом з тим, через незаконне звільнення НАУ мало сплатити працівникам компенсацію, загальний розмір якої перевищує 870 тис. грн. 

За фактом завдання університету збитків в такому розмірі проти Ісаєнка відкрито кримінальне провадження. В рамках його розслідування він був оголошений у розшук. 

НАУ тим часом подав проти Ісаєнка цивільний позов — щодо стягнення з колишнього ректора повної суми завданого збитку.

28 березня Солом'янський райсуд Києва задовольнив відповідний позов університету. 

"Позов Національного авіаційного університету задовольнити повністю. Стягнути з Ісаєнка Володимира Миколайовича на користь Національного авіаційного університету шкоду, завдану незаконним звільненням працівників, у розмірі 872 480 грн", — йдеться у рішенні суду. 

Нагадаємо, що Ісаєнку загрожує 12 років ув’язнення за незаконно виплачені собі премії у розмірі 1,3 млн грн.

У 2021 році Ісаєнку було повідомлено про підозру за фактом незаконного звільнення працівника НАУ з особистих мотивів.

На початку жовтня 2020 року Міністерство освіти і науки своїм наказом звільнило Ісаєнка з посади ректора: через невиконання умов контракту, невідповідні умови проживання студентів під час практики, невідповідність освітніх програм чинним вимогам, шантаж студентів, ігнорування норм пожежної безпеки в гуртожитках та навчальних корпусах тощо.

Після цього у НАУ пройшли вибори ректора, перемогу на яких здобув чинний керівник освітнього закладу Максим Луцький.